微生物の取り扱い（培養操作など）、注射薬のアンプル充填など外部と隔絶して空気中の微
生物汚染をなくし、無菌操作が行い得る目的で特殊な構造、装置を備えた部屋をいう。
無菌包装システムを食肉加工品に用いる場合、包装する無菌環境を確保するため無菌室（クリーンルーム、バイオクリーンルーム）が必要となる。
一般にクリーンルームとは微生物的クリーン、つまりバイオクリーンルームを意味しており、
クリーンルームには簡易タイプと本格的タイプとがあり、本格的なタイプでは無菌的に製品資材など搬入するパスボックスの設置や、人の出入りするときのプレルーム、エアーロック設備などがあり、室内は空気を陽圧とし、一定方向に流れ新しい空気はエアーフィルターを通じて無菌的に送り込むとともに、温度、湿度管理などまで十分考慮に入れた室となる。
部屋にかえて箱を用いる事があり、それを無菌箱という。
