主として伝染病予防の立場で使われる言葉である。微生物のうち病原性のあるもののみ滅殺もしくはその数を減少させて、病原性をなくそうとする目的で行う操作のことをいう。従って滅菌とは意味が異なる。
その方法には一般に物理的（蒸気消毒、煮沸消毒、乾熱、焼却、日光消毒等）な方法と化学薬剤（石炭酸、クレゾール、フォルマリン、アルコール等）を用いる方法とがあるが、食品工場などで行う消毒は物理的方法によることが望ましく、化学薬剤は器具類に対してクロール剤、手指の消毒にはアルコール、逆性せっけんといった特殊な場合に特殊な薬剤が使用される。
