わが国では食品衛生法の立場でおおむね次のように定義されている。「食中毒とは食品、食品添加物及び食品の関係ある器具、容器、包装などによって経口的におこる急激な衛生上の危害、事故のうち伝染病、寄生虫病、栄養障害、異物による外傷などを除いたもの」。
そしてこのような定義に該当する危害、事故を次のように分類して取扱っている（統計報告）。
Ａ）細菌性食中毒
感染型：生菌の経口的侵入によるもの（例）サルモネラ、病原大腸菌、腸炎ビブリオ、ウェルシュ菌による食中毒
毒素型：①細菌の毒素によるもの（例）ボツリヌス菌、ブドウ球菌の毒素による食中毒
②腐敗産物によるもの（例）アレルギー様食中毒
Ｂ）化学性食中毒：有毒な化学物質によるもの（例）メタノール、鉛、水銀、ヒ素、有機リン剤などによる食中毒
Ｃ）自然毒食中毒：①植物性自然毒（例）毒キノコ、毒草類による食中毒
②動物性自然毒（例）フグ、毒貝、シガテラ魚による食中毒
